A emergência do Hospital Municipal de Madre de Deus atende a média complexidade com clínica médica, pediatria, ortopedia, obstetrícia, cirurgia geral e anestesiologia. A S3 Estratégias e Soluções em Saúde é a instituição contratada pela Prefeitura de Madre de Deus, para gerir os serviços de atendimento e administração da unidade hospitalar.